L'ambiente marino dell'isola di Pantelleria è pressoché intatto. Ne sono una prova le praterie di Posidonia che crescono rigogliose e del tutto incontaminate; i fondali corallini ricchi di tutti i tipi di Gorgonie e del rarissimo Corallo Nero. Altre singolarità sono presenti lungo la costa, come la Cistofeira, tenace alga del bagnasciuga presente solo nell'isola, unica stazione dell'Europa mediterranea e le Alghe Laminarie assai più sviluppate che altrove. Gli emozionanti incontri con i grossi Trigoni che sorvolano gli splendidi fondali, con i Cetacei e con i gioiosi Delfini, sono comuni ed esaltanti. Anche gruppi di Globicefali o Balene pilota ed altri più rari animali sono tra i frequentatori abituali di queste acque.
Negli ultimi anni, per ben tre volte,nel 1998 e nel 2000, uno dei mammiferi più rari al mondo ha fatto la sua ricomparsa a Pantelleria. Esemplari di Foca Monaca (Monachus monachus) sono stati avvistati lungo la costa nord occidentale dell'isola.
Si tratta di avvenimenti importanti in quanto è da molti anni che gli isolani la consideravano estinta.
Per preservare questo ambiente marino unico, alcune persone esperte e appassionati di mare hanno costituito un'associazione: Pro Parco Marino di Pantelleria.
Lo scopo dell'associazione è quello di tutelare tutte le emergenze biologiche e archeologiche presenti nel mare intorno all'isola e inoltre promuovere iniziative a favore della creazione del Parco stesso.